Mnichovská dohoda z roku 1938 znamenala zásadní zlom pro československé Rotary kluby, které do té doby patřily mezi nejsilnější v Evropě. V době, kdy se nacistický vliv šířil Evropou a postupně likvidoval kluby v Německu a Rakousku, se českoslovenští rotariáni snažili udržet své mezinárodní postavení. Nastupující guvernér František Král vedl své kolegy v boji za prestiž Československa, avšak dohoda podepsaná v Mnichově přinesla nejen ztrátu pohraničních území, ale také konec několika významných Rotary klubů.

V květnu 1938 se Distriktní konference uskutečnila v Košicích. Tou dobou už neexistovaly Rotary kluby ani v německé ani v rakouské části nacistické Třetí říše. Podobný vývoj si v Československu připouštěl málokdo. Přesto nastupující guvernér distriktu František Král, mezinárodně uznávaný brněnský zvěrolékař, určil jako obranu a prioritu pro nastávající funkční období co největší podporu prestiže Československa v zahraničí prostřednictvím Rotary.

Měl pro to dobrý důvod. V té době bylo Československo co do počtu Rotary klubů po Velké Británii a Francii třetím nejsilnějším státem Evropy. Silnou pozici potvrzoval například i osobní dopis Paula Harrise zaslaný jednomu z guvernérů distriktu 66, plzeňskému rotariánovi Aloisovi Červenkovi. Harris se v něm lichotivě zmiňuje o činnosti Rotary klubů v Československu a nazývá je pilíři Rotary v Evropě. Tehdejší sekretář RI pro Evropu Dr. A. Potter po osobní návštěvě Rotary klubů v Kolíně, Žamberku, Brně, Bratislavě, Hradci Králové, Praze, Karlových Varech a České Třebové označil práci v klubech „co rotariánskou senzaci“. Také je pozoruhodné jak velké množství menších i rozsáhlejších informací o Československu a našich rotariánech v té době uveřejňoval oficiální celosvětový časopis The Rotarian.

Naše postavení posilovala účast tří bývalých guvernérů v nejužším vedení RI v Chicagu i silná pozice úřadujících guvernérů uvnitř republiky. V této souvislosti je třeba znovu zmínit i osobnost Jana Masaryka, který byl v roce 1925 jedním ze zakladatelů RC Praha. Jeho osobní i pracovní vztahy se přenášely pozitivně i do prostředí Rotary. Po celý svůj život byl v různých profesních i životních pozicích pojítkem mezi Prahou (jeho rodištěm), USA (rodištěm jeho matky i manželky, sestry prvního amerického vyslance v Praze) a Londýnem (místem, kde jeho otec TGM prožil 1. světovou válku).

Obyvatele Československa však čekal šok. Nacistická Třetí říše a Itálie uzavřely v Mnichově s Velkou Británií a Francií dohodu, která ultimativně nařizovala Československu, aby se podřídilo Hitlerovým územním požadavkům a k 1. říjnu 1938 odstoupilo pohraniční území (Sudety). Z našeho pohledu to znamenalo bezprostřední zánik Rotary klubů v Mariánských Lázních, Karlových Varech, Teplicích-Šanově, Ústí nad Labem, Liberci a Opavě. Signatářská země Mnichovské dohody, Francie, se dočkala okupace nacistickou Třetí říší a zániku Rotary klubů jen o něco málo později, v roce 1940.

V návaznosti na Mnichovskou dohodu současně Československo odstoupilo Polsku část Těšínska a Maďarsku území jižního Slovenska a Podkarpatské Rusy. Zdejší Rotary kluby však mohly v činnosti pokračovat. V květnu 1939 se RC Český Těšín přejmenoval na Cieszyn Zachodni a zaniknul až v říjnu 1940. RC Košice se přejmenoval na Kassa a RC Užhorod na Ungvar. Oba zanikly až v červnu 1942 stejně jako například RC Budapešť.

Už v polovině října 1938 byla svolána mimořádná konference zredukovaného počtu Rotary klubů z okleštěného Československa k projednání aktuální situace. Několik klubů oznámilo okamžité ukončení činnosti, jiné naopak podporovaly zvýšené úsilí při hájení zásad Rotary a setrvání v jeho mezinárodním společenství. Pozitivní výsledek oznámil guvernér František Král klubům dopisem z 18. října 1938. Mimo jiné v něm píše: „Usilujme, aby jméno „Čechoslováka“ vyjadřovalo dokonalost kvality člověka, tvorby i národa. Mějme víru v sebe a zvítězíme.“  

Toto rozhodnutí a naděje byly posíleny skutečností, že od rotariánů z různých koutů světa začaly docházet projevy účasti a sympatií i nabídky pomoci, dorazily také první šeky (mnohdy na značné obnosy) s prosbou, aby jich bylo použito ve prospěch potřebných. Některé kluby, jako například pražský, začaly organizovat sbírky na pomoc vystěhovalcům z pohraničí. V prvních měsících roku 1939 některé Rotary kluby změnily svoje stanovy i název. Jako kulturní nebo osvětové spolky tak přežívaly až do roku 1941, kdy začal Reinhard Heydrich zavádět rozsáhlé restrikce. Je možné, že podobným způsobem přetrval alespoň nějaký čas i některý ze čtyř tehdejších slovenských klubů.

V polovině března 1939 Hitler zlikvidoval i to málo, co z bývalého Československa zbylo po Mnichovské dohodě – 14. března byl vyhlášen tzv. Slovenský stát (první Slovenská republika) úzce svázaný s nacistickou Třetí říší a 15. března byl jako její součást zřízen Protektorát Čechy a Morava.

Dne 22. března 1939 vyzval úřadující zemský vicepresident Bienert prostřednictvím policejního ředitelství k dobrovolnému rozpuštění Rotary klubů a obdobných spolků na území Protektorátu Čechy a Morava. Tato výzva byla posílena 22. srpna 1939 oficiálním pokynem protektorátního ministerstva vnitra s termínem likvidace do soboty 26. srpna 1939. Můžeme se domnívat, že obdobný postup byl uplatněn i na Slovensku. Se zánikem československých Rotary klubů zanikl i Rotary distrikt 66.

Zánik Rotary klubů v období 1938/1939 byl do jisté míry chaotický. Některé kluby jen přestaly být aktivní, jiné svoji činnost ukončily „de facto“, ale administrativně tak neučinily. Také do ústředí RI docházely mnohdy jen dílčí zprávy. Aby se tato agenda sjednotila a nezablokovalo se případné pozdější obnovení činnosti klubů, Rada ředitelů RI (RI Board of Directors) rozhodla, že v případě nejasností bude u klubů bývalého Československa za ukončení činnosti „de jure“ považováno datum 19. ledna 1940.

Bývalí rotariáni vzbuzovali stále pozornost svého okolí, zejména přisluhovačů fašistického režimu, kolaborantů i gestapa v Čechách a na Moravě nebo Hlinkovy gardy na Slovensku. Podle průzkumu provedeného v roce 1946 bylo během tohoto období více než dvě stě (šestina) bývalých československých rotariánů z různých důvodů vězněno nebo jinak perzekuováno. Velké množství rotariánů odešlo do zahraničí, kde se stávali členy místních klubů. Po osvobození Československa to bylo výhodou při obnovování klubů.

Zatímco před Mnichovskou dohodou existovaly Rotary kluby v 92 zemích světa, v říjnu 1946 to bylo jen v 74.

Proměny Československa
Republika Československá (První republika) 28. října 1918 – 30. září1938
Mnichovská dohoda - 29. září 1938
Česko-Slovenská republika (Druhá republika) 30. září 1938 - 15. března 1939
Slovenský stát (první Slovenská republika) 14. března 1939 – 3. května 1945
Protektorát Čechy a Morava 16. března 1939 – 8. května 1945
Československá republika (Třetí republika) 4. dubna 1945 – 9. června 1948